为构建核心种质资源库以及为牡丹育种提供理论依据，本研究以334个牡丹品种的叶片为试验材料，利用CTAB法提取牡丹基因组DNA后，筛选出142个DNA模板检测合格的品种作为试验样本，然后选择20对EST-SSR引物进行特异性扩增，利用PCR产物经毛细管电泳得到的数据，对142个牡丹品种的遗传多样性与亲缘关系进行群体遗传结构分析和聚类分析。20对引物在142个品种中共扩增出170个多态性位点，平均每对引物扩增8.5个。有效等位基因数（Ne）为1.014-13.643个，平均为3.499个，Shannon指数（I）在1.690-0.047之间，平均为1.222。群体遗传结构分析得出，试验中的142个牡丹品种可分为两个群体（K=2）。聚类分析得出142种牡丹品种可分为2组，3类，30亚类，这与群体结构分析的结果基本相符。研究表明等位基因在群体中分布不均，遗传差异丰富，品种间具有较高的遗传多样性，且牡丹在长期育种工作中已出现遗传分化现象，逐渐分化为多个群体。本研究为今后的远缘杂交育种及核心种质资源库的构建提供了理论参考。

为构建核心种质资源库以及为牡丹育种提供理论依据，本研究以334个牡丹品种的叶片为试验材料，利用CTAB法提取牡丹基因组DNA后，筛选出142个DNA模板检测合格的品种作为试验样本，然后选择20对EST-SSR引物进行特异性扩增，利用PCR产物经毛细管电泳得到的数据，对142个牡丹品种的遗传多样性与亲缘关系进行群体遗传结构分析和聚类分析。20对引物在142个品种中共扩增出170个多态性位点，平均每对引物扩增8.5个。有效等位基因数（Ne）为1.014-13.643个，平均为3.499个，Shannon指数（I）在1.690-0.047之间，平均为1.222。群体遗传结构分析得出，试验中的142个牡丹品种可分为两个群体（K=2）。聚类分析得出142种牡丹品种可分为2组，3类，30亚类，这与群体结构分析的结果基本相符。研究表明等位基因在群体中分布不均，遗传差异丰富，品种间具有较高的遗传多样性，且牡丹在长期育种工作中已出现遗传分化现象，逐渐分化为多个群体。本研究为今后的远缘杂交育种及核心种质资源库的构建提供了理论参考。